Sille’deki Aya Eleni Kilisesi’nin yapılış hikayesi her ne kadar böyle anlatılsa da bazı araştırmacılar Bizans döneminde 325 yılında İznik’te, daha sonra Efes, İstanbul ve Kadıköy’de Ortodoksluğun ilkelerini belirlemek üzere toplanan konsüllere Konya bölgesindeki kiliseleri temsilen katılan din adamları listesinde Aya Eleni Kilisesi yer almaz. Bu kayıtlarda Konya’daki 14 yerleşim yerinin ismi olduğu halde Sille’ye rastlanmaz.

Doğrulanmamış rivayetler haricinde Sille’nin bir yerleşim yeri olarak kaynaklarda ilkin Sultan Alaeddin Keykubat döneminde bir mekan olarak ortaya çıktığı görülmektedir.

.Kilise düzgün kesme Sille taşı ile yapılmıştır. Avlusunda kayalara oyulmuş odalar bulunmaktadır. Kilisenin kuzeye açılan kapısından dış nartekse girilir. Burada kadınlar mahfeline çıkan iki yönlü taş merdivenler yer almaktadır. Kilisenin ana kubbesi dört fil ayağı üzerinde olup, kilise üç neflidir. Kilisenin içerisinde ahşaptan, üzeri alçı süslü bir vaaz kürsüsü ile apsisle ana mekânı ayıran ahşap alçılı kafes bir sanat şaheseridir. Kubbe geçişlerinde ve taşıyıcı ayaklarda Hz. İsa, Hz. Meryem ile havarilere ait resimler bulunmaktadır. Ancak kilisenin kubbesini süsleyen ceylan derilerine bezeli 4 fresk (aziz tasviri) tarih hırsızları tarafından kilise pencerelerinin demirleri kesilerek 2008 ve 2009 yıllarında çalınmış ve büyük bir ihtimalle yurt dışına kaçırılmıştır. Henüz bu fresklerin akıbetinden herhangi bir bilgi yoktur. Fresklerin, kilise Konya Müze Müdürlüğü tarafından restorasyon amaçlı olarak Selçuklu Belediyesi’ne devrinin ardın dan çalınmış olması da dikkat çekmektedir.

Kilisenin iç yapısının üstünde Yunan harfleriyle yazılmış Türkçe bir tamir kitabesi kilisenin tarihi hakkında bilgi vermektedir. Bu kitabe 1833 tarihlidir. Aynı kitabenin üzerinde ise kilisenin Sultan Mecit döneminde ve Sultan II. Abdülhamit dönemlerinde de onarım gördüğünü belirten kitabeler bulunmaktadır

Birinci Dünya Savaşı'nda yaralı askerlerin tedavi üssü ve depo olarak kullanılan kilisede, dördüncü bakım çalışması 1998-2002 yılları arasında gerçekleştirildi. Beşinci kez ve daha kapsamlı bir restore için Selçuklu Belediyesi, çalışmalarını sürdürüyor.

1924’te gerçekleşen büyük mübadele sonrası cemaatsiz kalan kilise müze olarak kullanılmaya başlanmıştır. 2008’de restorasyon amacıyla Selçuklu Belediyesi’ne devredilmesi kararlaştırılan Aya Eleni Müzesi restorasyon çalışmalarının tamamlanmasıyla turistlerin ziyaretine açılacak. Müzenin restorasyon çalışmasının 375 gün süreceği ve yaklaşık 1.124.000 bin TL’ye mal olacak.

Çalışmaların tamamlanmasıyla kilisenin ziyaretlere açılacağını kaydeden Selçuklu Belediye Başkanı Uğur İbrahim Altay, "Türk milleti (Müslüman'ı camide, Hıristiyan'ı kilisede, Musevi'yi ise Havra'da) görmek isteyen bir anlayıştan geliyor. Atalarımız yüzyıllarca insanların inançlarına hiçbir baskı kurmadan onlara saygı duyarak yaşamış. Kendi emri altında olan milletlerin dahi inançlarını yaşamaları için uğraş vermiş. Biz de belediye olarak Aya Eleni Kilisesi'nin restoresini tamamlayıp ziyarete açacağız. Bu İslam dinine şüphe ile bakanlara bir mesaj olsun" dedi.